Μεγάλο αρχαιολογικό ενδιαφέρον προκύπτει από παράλληλες αρχαιολογικές ανασκαφές που διεξάγονται αυτή τη στιγμή στη Σωτήρα Αμμοχώστου, με ευρήματα που αναμένεται να είναι πολύ σημαντικά για την Κυπριακή ιστορία και κληρονομιά.
Σε αρχικό στάδιο βρίσκεται το ερευνητικό πρόγραμμα του Πανεπιστημίου Κύπρου, χρηματοδοτημένο από το Ίδρυμα «Αναστάσιος Γ. Λεβέντης» με τίτλο «Η Εκκλησία της Μεταμορφώσεως στη Σωτήρα Αμμοχώστου και τα συμφραζόμενά της: Ιστορία – Αρχιτεκτονική – Τοιχογραφίες», πρόταση η οποία διαμορφώθηκε και υποβλήθηκε σε συνεργασία με τον Αρχαιολογικό Λειτουργό Α’ του Τμήματος Αρχαιοτήτων, κ. Γιώργο Φιλοθέου. Το πρόγραμμα που ξεκίνησε τον περασμένο Ιούνιο θα διαρκέσει μέχρι τα μέσα του 2016 και σκοπός είναι να καλύψει ένα ουσιαστικό κενό στην ιστορία της αρχιτεκτονικής της μεσαιωνικής Κύπρου με το να κάνει τον ιδιαίτερα σημαντικό, αλλά ελάχιστα μελετημένο, ναό της Μεταμορφώσεως στη Σωτήρα Αμμοχώστου, το αντικείμενο διεπιστημονικής διερεύνησης από διεθνή εννεαμελή επιστημονική ομάδα, η οποία περιλαμβάνει τους Αθανάσιο Παπαγεωργίου, Τάσο Παπακώστα, Μαρία Πασχάλη, Ιωάννα Κακουλλή, Ανδρέα Ζήσιμο, Mat Immerzeel, Philippe Trélat, Γιώργο Φιλοθέου και Μαρία Γ. Παρανή.
Το τελικό παραδοτέο του προγράμματος θα είναι η δημοσίευση ενός συλλογικού επιστημονικού τόμου αφιερωμένο στο μνημείο, ο οποίος θα περιλαμβάνει τα κεφάλαια «Η Σωτήρα και η περιοχή της κατά τη βυζαντινή και μεσαιωνική περίοδο» (Ph. Trélat), «Η αρχιτεκτονική του Ναού της Μεταμορφώσεως» (Α. Παπαγεωργίου), «Η Αρχιτεκτονική του Ναού της Μεταμορφώσεως στο τοπικό και στο περιφερειακό της πλαίσιο» (Τ. Παπακώστας), «Οι τοιχογραφίες του Ναού της Μεταμορφώσεως: εικονογραφική και τεχνοτροπική ανάλυση» (Γ. Φιλοθέου – Μ. Παρανή), «Οι τοιχογραφίες του Ναού της Μεταμορφώσεως στα κυπριακά τους συμφραζόμενα» (Μ. Πασχάλη), «Οι τοιχογραφίες του Ναού της Μεταμορφώσεως: η άποψη από τη σταυροφορική ανατολή» (M. Immerzeel), «Οι τοιχογραφίες του Ναού της Μεταμορφώσεως: τεχνική ανάλυση» (Ι. Κακουλλή – Α. Ζήσιμος).
Η μελέτη και η δημοσίευση του ναού της Μεταμορφώσεως στη Σωτήρα Αμμοχώστου και μάλιστα των τοιχογραφιών του, θα κάνει το μνημείο ευρύτερα γνωστό στη διεθνή επιστημονική κοινότητα. Επιπλέον, ο Δήμος Σωτήρας ευελπιστεί ότι θα βοηθήσει να τοποθετηθεί η Σωτήρα πιο ξεκάθαρα στον πολιτιστικό χάρτη της Κύπρου. Ήδη το ενδιαφέρον από επιστημονικές ομάδες και τουριστικούς πράκτορες θρησκευτικού τουρισμού είναι αυξημένο και ο Δήμαρχος Σωτήρας βρίσκεται σε πρώιμες επαφές για προσέλκυση επιστημονικού και τουριστικού ενδιαφέροντος.
Παράλληλα, η αρχαιολογική σκαπάνη του Τμήματος Αρχαιοτήτων με επικεφαλής την Αρχαιολογική Λειτουργό του Τμήματος Αρχαιοτήτων, Άννα Σατράκη, διεξάγει αρχαιολογικές έρευνες, δυτικά της παραλίας «Σειρήνες», στην περιοχή «Μνήματα των Ελλήνων». Στην περιοχή αυτή, και μετά από παροτρύνσεις του Πρωτοπρεσβύτερου Γεώργιου Ιωάννου προς το Τμήμα Αρχαιοτήτων, η έρευνα έφερε στο φως 15 περίπου τάφους, λαξευμένους με ανθρώπινο χέρι και με γεωμετρική λεπτότητα επάνω στους βράχους της ακτής. Ήδη το Τμήμα Αρχαιοτήτων ολοκλήρωσε τον καθαρισμό των τάφων και τις περιοχής και σύντομα δεύτερο συνεργείο θα πραγματοποιήσει αποτύπωση των 15 συλημένων τάφων και ένταξή του στον αρχαιολογικό χάρτη της Κύπρου.
Εκτός από τα ευρήματα αυτά, ο Δήμος Σωτήρας αναμένει να γίνουν κι άλλες προσπάθειες για ανάδειξη και άλλων ευρημάτων, από τα οποία η Σωτήρα είναι διάσπαρτη, αποδεικνύοντας και πιστοποιώντας την τεράστια ιστορική της αξία στην κυπριακή ιστορία.