Σε μια μέτρια κατσαρόλα ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο. Σοτάρουμε το κρεμμύδι και τον κιμά για περίπου 4 λεπτά, να πάρει χρώμα.
Σβήνουμε με το κρασί. Όταν εξατμιστεί το αλκοόλ προσθέτουμε την ντομάτα, αλατοπιπερώνουμε και βράζουμε για περίπου 30 λεπτά σε χαμηλή φωτιά.
Λαδώνουμε τη λαμαρίνα του φούρνου. Στρώνουμε μέσα τις πατάτες και τις μελιτζάνες και αλατίζουμε.
Σκεπάζουμε τη λαμαρίνα με αλουμινόχαρτο και ψήνουμε στους 180οC για περίπου μισή ώρα (ή μέχρι να μαλακώσουν οι πατάτες). Λαδώνουμε ένα ταψί 20 εκ. και στρώνουμε στη βάση τις πατάτες. Από πάνω προσθέτουμε τον κιμά και στη συνέχεια τις μελιτζάνες.
Ετοιμάζουμε την μπεσαμέλ: σε κατσαρόλα σε χαμηλή φωτιά, λιώνουμε το βούτυρο και προσθέτουμε το αλεύρι, ανακατεύοντας συνεχώς και γρήγορα με σύρμα για να μη σβολιάσει η μπεσαμέλ.
Μόλις τα υλικά ομογενοποιηθούν προσθέτουμε το γάλα, ανεβάζουμε σε μέτρια φωτιά και ανακατεύουμε με το σύρμα μέχρι να δέσει η μπεσαμέλ.
Αποσύρουμε από τη φωτιά και προσθέτουμε φρεσκοτριμμένο μοσχοκάρυδο.
Σε μπολ χτυπάμε με το σύρμα το γάλα με τους κρόκους. Προσθέτουμε το μείγμα στη μπεσαμέλ και ανακατεύουμε απαλά με το σύρμα.
Απλώνουμε τη μπεσαμέλ στο ταψί πάνω από τις μελιτζάνες.
Ψήνουμε τον μουσακά στους 180° C για 40-45 λεπτά ή μέχρι να ροδοκοκκινήσει η μπεσαμέλ.
