Σε ένα μεγάλο σκεύος ρίχνουμε το λάδι, το αλάτι, την πάπρικα, το κρασί και τον χυμό από τα λεμόνια.
Στη συνέχεια τρίβουμε μέσα το κρεμμύδι και τις ντομάτες και προσθέτουμε τα τρυφερά φύλλα από το φρέσκο θυμάρι.
Ανακατεύουμε, προσθέτουμε τα κομμάτια του χοιρινού και ανακατεύουμε πάλι καλά.
Σκεπάζουμε με μεμβράνη το σκεύος και μαρινάρουμε το κρέας για τουλάχιστον 3 ώρες στο ψυγείο.
Αφαιρούμε τα κομμάτια χοιρινού από τη μαρινάδα και βάζουμε σε ένα σουρωτήρι για να στραγγίξουν για λίγο.
Παράλληλα κόβουμε σε μεγάλα κομμάτια τις πιπεριές.
Περνάμε εναλλάξ στη σούβλα ένα κομμάτι χοιρινού και μετά ένα κομμάτι πιπεριάς, μέχρι να γεμίσει η σούβλα.
Αλατοπιπερώνουμε απέξω το κοντοσούβλι και ψήνουμε 1-1,5 ώρα, ανάλογα την ένταση του μπάρμπεκιου που έχουμε, ώστε να πάρει ωραίο χρώμα από έξω, χωρίς να στεγνώσει όμως στο εσωτερικό του.
Ψήνεται και στο φούρνο, τυλιγμένο σε λαδόκολλα. Αρχικά για 1 ώρα στους 180-200ºC και μετά για άλλα 20-30 λεπτά μέχρι να πάρει ένα ωραίο χρώμα.
