Προθερμαίνετε το φούρνο στους 180 βαθμούς. Σε μια κατσαρόλα ζεσταίνετε το λάδι και σοτάρετε τον κιμά μέχρι να αποκτήσει ένα ελαφρύ καφετί χρώμα.
Στη συνέχεια προσθέστε τα κρεμμύδια και μαγειρεύετε μέχρι να μαλακώσουν, περίπου 8 λεπτά. Προσθέστε την τομάτα κονκασέ, τη ρίγανη, βασιλικό και πελτέ τομάτας. Ανακατεύετε καλά, χαμηλώνετε την εστία και σιγοβράζετε για 20 λεπτά.
Χτυπάτε το αυγό σε ένα μεγάλο μπολ προσθέτοντας το ψιλοκομμένο σπανάκι μαζί με ½ φλιτζάνι παρμεζάνα, μοτσαρέλα, το τυρί cottage, φρυγανιά, σκόρδο σε σκόνη, μαγειρεμένο κιμά, το αλάτι και το πιπέρι.
Απλώνετε στο πάτο ενός πυρέξ λίγη ποσότητα από την σάλτσα. Γεμίζετε τα μανικότι και τα τοποθετείτε μέσα στο πυρέξ. Στη συνέχεια τον κιμά που περισσεύει απλώστε τον από πάνω. Πασπαλίζετε με ¼ φλιτζάνι παρμεζάνα.
Σκεπάζετε με αλουμινόχαρτο και ψήνετε για 45 λεπτά. Αφαιρείτε το αλουμινόχαρτο και ψήνετε για άλλα 15 λεπτά.