Σε ένα μπολ, ανακατέψτε καλά με σύρμα το αλεύρι μαζί με τη καστανή ζάχαρη, το κακάο, το baking powder, τη σόδα και το αλάτι. Ανοίξτε μια λακκούβα στη μέση του μείγματος.
Σε ένα άλλο μπολ, ρίξτε την κούπα με το νερό και προσθέστε λίγο λάδι, το ξίδι, το εκχύλισμα βανίλιας και το αβγό και ανακατέψτε καλά με το σύρμα.
Προσθέστε τα τσιπς σοκολάτας, ανακατέψτε και ρίξτε το μείγμα μέσα στο μείγμα του αλευριού ανακατεύοντας μέχρι να αποκτήσει υγρασία.
Βάλτε 12 χάρτινες θήκες για muffin μέσα στην ειδική πλαστική θήκη για muffin και ψεκάστε τις ελαφρά με σπρέι μαγειρικής.
Μοιράστε το μείγμα στις θήκες και πασπαλίστε κάθε muffin με τα υπόλοιπα τσιπς σοκολάτας που έχουν μείνει.
Ψήστε τα muffins στους 200C για 15 λεπτά ή μέχρι να έχουν ψηθεί από μέσα (κάντε το γνωστό κόλπο με την οδοντογλυφίδα). Αφήστε τα να κρυώσουν για 5 λεπτά και σερβίρετε.