Βάζετε σε ένα μπολ με καπάκι το χυμό λεμονιού, το λάδι, το κρεμμύδι, τη δάφνη, το θυμάρι ή τη ρίγανη, το μαϊντανό, το αλάτι και τους κόκκους του πιπεριού.
Κόβετε το φιλέτο του σολομού σε κύβους και το ρίχνετε στο μπολ με τη μαρινάτα. Σκεπάζετε το μπολ και το αφήνετε στο ψυγείο για 1 ώρα περίπου.
Βγάζετε τα κομμάτια ψαριού από τη μαρινάτα, τα στραγγίζετε και τα περνάτε σε ξύλινες ή μεταλλικές μικρές σούβλες μαζί με τις πιπεριές και ροδέλες κρεμμυδιού.
Ψήνετε τα σουβλάκια σε πολύ καυτή σχάρα στα κάρβουνα, σε ηλεκτρική ψησταριά ή στο γκριλ της κουζίνας σας. Αλείφετε τα σουβλάκια πού και πού με τη μαρινάτα, καθώς ψήνονται.
Σερβίρετε τα σουβλάκια αμέσως μόλις ψηθούν και γαρνίρετε με φέτες λεμονιού, ροδέλες από φρέσκο κρεμμυδάκι και ψιλοκομμένο άνηθο.